Sau khi có bằng cử nhân, Naigaga có được việc làm tại Ngân hàng Centenary nơi bà đã phục vụ trong mười ba năm từ 2003 đến 2015, và có được kiến thức sâu rộng về quản lý tài chính trong quá trình này. Bà bắt đầu làm nhân viên ngân hàng từ năm 2003 đến 2007. Sau đó, bà được đề bạt làm giám sát viên chi nhánh, một vị trí mà bà đã nắm giữ đến năm 2009 khi bà được thăng chức thành trợ lý giám đốc chi nhánh vào năm 2009. Năm 2011, bà được nâng lên làm giám đốc chi nhánh cho đến khi từ chức năm 2015 để tham gia chính trị.[6]